2価ワクチンの接種によって、16型・18型の2種の発がん性ＨＰＶの感染をほぼ100％防ぐことができます。さらに遺伝子構造が似ている31型・ 33型・52型・58型などの発がん性ＨＰＶ感染の約40～50％も防ぐことができ、日本人の頸がん全体の70％以上が予防できると推定されています。

4価ワクチンは、16型・18型の2種の発がん性ＨＰＶに加えて、尖圭コンジローマの病因になる6型・11型のＨＰＶの感染を防ぎます。

2価ワクチンのＨＰＶ感染予防効果の持続期間は推定20年以上で、2011年2月現在確認されているのは8.4年です。
ただし、ワクチンによる頸がん予防率は100％ではないため、ワクチン接種と頸がん検診の併用が推奨されています。